โมเลกุลาร์ด็อกกิ้งถูกนำมาใช้ศึกษาอันตรกิริยาระหว่างอนุพันธ์ของฟุลเลอรีนและเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการเติบโตของไวรัส 3 ชนิดคือ HIV-1, SARS-CoV and H5N1 โดยเลือกอนุพันธ์ของฟุลเลอรีน 9 ชนิดที่มีฤทธิ์ในการยับยั้งไวรัสมาด็อกกับเอนไซม์เหล่านี้โดยใช้โปรแกรมAutodock 3.0.5 และ CAChe6.1 สำหรับการด็อกแบบแข็งเกร็ง-ยืดหยุ่นและการด็อกแบบยืดหยุ่น-ยืดหยุ่นตามลำดับ ค่าพลังงานการยึดจับคำนวณโดยใช้ Autodock อยู่ในช่วง -8.27 ถึง -21.63 kcal/mol และค่า PMF scores คำนวณโดยใช้ CAChe อยู่ในช่วง -156.09 ถึง -555.10 kcal/mol ค่าพลังงานดังกล่าวแสดงให้เห็นถึงความน่าจะเป็นในการใช้อนุพันธ์ของฟุลเลอรีน เป็นตัวยับยั้ง HIV-1, SARS-CoV and H5N1 โดยที่อนุพันธ์ของฟุลเลอรีนที่ยึดจับกับ HIV-1, SARS-CoV and H5N1 ได้มีประสิทธิภาพคือ อนุพันธ์ของฟุลเลอรีนหมายเลข 1 และ 7