การบำบัดน้ำเสียโดยใช้จุลินทรีย์ในปุ๋ยหมัก เป็นโครงงานที่ต้องการศึกษาการทำงานของ จุลินทรีย์ที่มีอยู่ในปุ๋ยหมัก ซึ่งนอกจากจุลินทรีย์จะสามารถย่อยสลายสารอินทรีย์ในกองปุ๋ยหมักได้แล้ว ยังสามารถย่อยสลายสารอินทรีย์ในน้ำได้ โดยใช้กระบวนการบำบัดน้ำเสียแบบไร้อากาศหรือไร้ออกซิเจน ซึ่งเป็นกระบวนการที่เหมาะกับการบำบัดน้ำเสียที่มีความเข้มข้นของสารอินทรีย์สูง หรือมีค่า COD สูง ในการทำปุ๋ยหมักที่ทำกันทั่วไปในการเกษตร ส่วนใหญ่เป็นการทำปุ๋ยหมักแบบไร่นา ซึ่งเกิดจากิจกรรมของจุลินทรีย์หลายชนิดในธรรมชาติย่อยสลายสารอินทรีย์ซึ่งเป็นองค์ประกอบของเศษพืช หรือเศษวัสดุต่างๆจนกระทั่งได้สารอินทรีย์ไม่มีกลิ่น มีสีน้ำตาลปนดำ แต่การทำปุ๋ยชนิดนี้ใช้ระยะเวลาประมาณหนึ่งเดือนขึ้นไป ซึ่งเป็นระยะเวลาที่ยาวนาน แต่สำหรับการทำโครงงานที่มีเวลาจำกัดวิธีดังกล่าวจึงไม่ค่อยเหมาะสมนัก จึงได้ทำปุ๋ยหมักวิธีเร่งเชื้อโดยใช้เชื้อ EM ซึ่งมีประสิทธิภาพในการย่อยสลายอินทรีย์ ใช้เสลานานเพียง 7-10 วันก็สามารถนำมาใช้ได้ ซึ่งปุ๋ยหมักชนิดนี้จะมีลักษณะเป็นของเหลวสีเหลือง มีกลิ่นอมเปรี้ยวหรือมีกลิ่นเหมือนเชื้อเห็ด และส่วนที่นำไปใช้บำบัดน้ำเสียเป็นของเหลวสีเหลือง ซึ่งมีวัตภาคเดียวกับน้ำเสีย คือสถานะเป็นของเหลวเหมือนกัน เมื่อนำน้ำจากปุ๋ยหมักมาเติมลงในน้ำเสีย ก็จะผสมเป็นเนื้อเดียวกัน ในการทำปุ๋ยหมักเพื่อนำมาบำบัดน้ำเสีย ได้ใช้วัสดุนำต่างๆกันมาทำปุ๋ยหมัก ได้แก่ เศษเปลือกสับปะรดและเศษผักคะน้า เพื่อต้องการทดลองหาว่าจุลินทรีย์ที่อยู่ในปุ๋ยหมักได้ที่จากวัสดุชนิดใด มีประสิทธิภาพในการบำบัดน้ำเสียได้ดีกว่ากัน