แมลงริ้นดำชนิด Simulium nakhonense จัดอยู่ในกลุ่ม striatum ของสกุลย่อย Simulium ในสกุล Simulium งานวิจัยนี้ได้ศึกษาโพลีทีนโครโมโซมจากต่อมน้ำลายของตัวอ่อนจำนวน 452 ตัว ที่เก็บมาจากแหล่งน้ำไหลธรรมชาติจำนวน 11 แห่ง (14 ประชากร) ในบริเวณภาคเหนือ ภาคกลาง และภาคใต้ของประเทศไทย S. nakhonense มีโครโมโซมจำนวน 3 คู่ (2n = 6) ที่เรียงลำดับตามความยาวจากโครโมโซมแท่งที่ 1 ยาวสุด ไปยังโครโมโซมแท่งที่ 3 สั้นที่สุด โครโมโซมแท่งที่ 1 และ 2 เป็นแบบเมตาเซนตริก โครโมโซมแท่งที่ 3 เป็นแบบซับเมตาเซนตริก แบบแผนการเรียงของแบนด์และตำแหน่งของลักษณะสำคัญๆเป็นลักษณะจำเพาะของสปีชีส์ ซึ่งสามารถใช้แยกแมลงริ้นดำชนิดนี้ ตำแหน่งของนิวคลีโอลาร์ออร์แกไนเซอร์อยู่บนโครโมโซมแขน IS ซึ่งใกล้กับเซนโตรเมียร์ที่ย้อมติดสีชัด ตำแหน่งของวงแหวนบัลบิอนิ และดับเบิลบับเบิลอยู่ค่อนมาทางปลายโครโมโซมแขนสั้น IIS ประชากรจำนวน 8 ประชากร เป็นโมโนมอร์ฟิก ในขณะที่พบพาราเซนตริกอินเวอร์ชันจำนวน 9 อินเวอร์ชัน ที่มีความถี่ค่อนข้างต่ำใน 6 ประชากร การศึกษานี้แสดงให้เห็นถึงการเกิด chromosomal polymorphisms ในประชากรธรรมชาติของแมลงริ้นดำ S. nakhonense และไม่มีหลักฐานที่แสดงให้เห็นว่าแมลงริ้นดำชนิดนี้เป็นกลุ่มสปีชีส์ซับซ้อน