DNA ในคนจะแบ่งได้เป็น 2 ชนิดใหญ่ๆ ตามการเรียงตัวของเบส และจำนวนชุด (copy) ใน haploid genome

1.Nonrepetitiveหรือunique หรือsingle-copy DNAมีอยู่ประมาณ 75% ของ DNA ในจีโนม การเรียงตัวของเบสจะไม่ซ้ำกัน หรือถ้าซ้ำกันก็น้อยมาก ส่วนหนึ่งของ DNA ชนิดนี้ ทำหน้าที่เป็น structural genes แต่ส่วนใหญ่ยังไม่ทราบหน้าที่

2.Repetitive DNAมีอยู่ประมาณ 25% ของ DNA ในจีโนม เป็น DNA ที่มีการเรียงตัวของเบสซ้ำๆ กัน แบ่งได้เป็น 2 ประเภท คือ

2.1 Interspersed (dispersed) sequences เป็น DNA ที่พบได้หลายชุด กระจายอยู่ทั่วไปในจีโนม และมีทิศทางใดก็ได้ ยังไม่ทราบหน้าที่ที่แน่นอน เช่นDNA ชนิดนี้แบ่งได้เป็น

2.1.1 Short interspersed nuclear elements (SINE) มีความยาว 100-500 คู่เบส ตัวอย่างเช่น Alu เป็น single copy sequence ประมาณ 300 คู่เบส และพบได้ทุกๆ 10 kb ในจีโนม ดังนั้น ในคนมี Alu family อยู่ 300,000 – 500,000 ชุด

2.1.2 Long interspersed nuclear elements (LINE) มีความยาวตั้งแต่ 500 คู่เบส ขึ้นไปจนถึงหลายพันคู่เบส ตัวอย่าง เช่น LI family มีความยาว 5,000 – 7,000 คู่เบส

2.1.3 Variable number of tandem repeats (VNTR) มีความยาวของหน่วยซ้ำ (repeat unit) ประมาณ 15 – 80 คู่เบส และอาจเรียงกันซ้ำๆ ได้ถึง 2 kb กระจายอยู่ทั่วไปในโครโมโซม VNTR ถูกใช้เป็น genetic marker ได้

2.1.4 Inverted repeats (fold back DNA) เป็น linear DNA ความยาว 100-1000 เบส สามารถทำเป็น stem loop ได้ (ดังรูป) ในคนมีประมาณ 2 ล้าน inverted repeats

2.2 Satellite DNA เป็นการเรียงตัวของเบสที่ซ้ำๆ กัน ในลักษณะที่เรียกว่า tandem array เช่นSatellite DNA พบได้ที่บริเวณ centromere และ telomere ในแต่ละโครโมโซม ในจีโนมจะมี satellite DNA ขนาดสั้นๆ เรียกว่า minisatellite (มีหน่วยซ้ำของเบส 20 – 30 คู่เบส) และ microsatellite หรือ short tandem repeat (STR, มีหน่วยซ้ำของเบส 2 – 7 คู่เบส) ความยาวของ STR นี้จะแตกต่างกันและมี polymorphism มากลักษณะต่างๆ ของ DNA ที่กล่าวมานี้ มีประโยชน์ในการศึกษาทางอณูชีววิทยา เช่น ศึกษาวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิต, การพิสูจน์บุคคลหรือพิสูจน์ความเป็นพ่อแม่ลูก เป็นต้น